上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已展示出具有广泛性的微生物活力，还包括抗肿癌和抵抗疾病毒使用。平常，三萜是确认甲羟戊酸途经组成的，并从本身花草和白色念珠菌中添加。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上展现了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的的学习职称论文。该的学习发展三萜类有机物野生虫草酸（GA）是在气体的培养的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学学转成导致的。采用转录组和淀粉酶质组学工艺工艺进步骤生命的进化无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT导致每种野生灵芝粉酸（GA）的共识机制，并依据几组学工艺工艺检则到的区别什么是基因和区别淀粉酶，预测出DHT 生态学学炼制 GA 的方式。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和功能键区分

按照对无柄灵芝粉细菌菌丝体来转录组测序共得到了67230个转录本和1429八个单什么是表观遗传。在这类单什么是表观遗传中，493个被检验为之间的关系表示什么是表观遗传（DEGs），这在其中213个表示上浮，279个表示调低（图1A）。GO含有研究定性分析后，DEGs构成生物工程进程（BP）、内部物质（CC）和氧分子效果（MF）3类。在BP类属中，有了前这几个子类属：四环素吸附排泄进程，乙酸盐排泄进程和甲酸盐排泄进程;而在CC类属中，内部外区、突触软型体、突触形式是前这几个亚类。针对于MF类属，甲酸脱氢酶（NAD）化学活化酶类、空气氧化修复酶化学活化酶类和酸氨（或酰胺）连入酶化学活化酶类是前这几个亚类属（图1B）。在DEGs的KEGG径路研究定性分析中，前30条含有度极高的径路中含27条是指排泄，这在其中二氧化氮排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐排泄、丙酸盐排泄信号灯径路不错含有（图1D）。

图1|转录类物质析和能力分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

确认对无柄灵芝粉念珠菌菌丝体对其实施血清质组学实施定量探讨，大概敲定了16,457种独具特色肽、2606种血清质和2588种化学发光法血清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的挑选条件下，没有你2606种血清质中，94种被判定为距离传达血清（DEPs），当中52种调涨，42种调整（图2A），图2C展现了距离传达血清的聚类算法实施定量探讨热图。从GO实施定量探讨来瞧，BP类属展现，绝大部分数DEPs参与活动乙酸盐分解的体内部核排泄率的操作具体步骤、四环素葡萄糖防防氧化分解的体内部核排泄率的操作具体步骤和肿瘤药物葡萄糖防防氧化分解的体内部核排泄率的操作具体步骤。CC类DEPs在体内部核外区、过防金属防氧化物酶体和微体中的比例更高，防防氧化修复酶催化活性酶类和甲酸脱氢酶（NAD）催化活性酶类在MF类中DEPs的的比例更高（图2B）。与转录组然而类同，KEGG通道实施定量探讨展现，诸多DEPs在分解的体内部核排泄率中含有，当中3条最含有的有效途径是光合海洋怪物中的碳固定不变、碳分解的体内部核排泄率和MAPK4g信号通道（图2D）。除外，确认实施定量探讨GO统计资料库的CC对DEPs对其实施亚体内部核准确定位实施定量探讨和标注（图2E），DEPs最具体的分布区在体内部核质（40.66%）、体内部核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），原理上是GAs海洋怪物制作而成的最具体的地址。

图2|核蛋白组的参考值剖析和实用功能核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物图片转换和照表组待选DEGs和DEPs加工了维恩图，有20个异同表达出来出遗传什么是基因遗传（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组公有的DEGs/DEPs做出聚类定量了解定量了解，察觉mRNA和血清质彼此有14个调整遗传什么是基因遗传和4个再降遗传什么是基因遗传，DEGs两者翻译工作的DEPs表达出来出关卡呈正涉及内容，依据Pearson的涉及内容数值定量了解，在转录组和血清质组彼此验测到相较高的涉及内容性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检则结论表明，E组和C组1个DEGs的表达爱出技术对比同质性，之中9个为调整DEGs，俩个为降低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表达爱出动向与转录混合物析结论不一样。

图3|蛋白酶质组的一定量概述和工作证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

拜谱生物:「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）