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Int J Mol Sci | m6A甲基化修饰对糖尿病小鼠认知功能障碍的调控机制

发布时间:2024-08-02
N6-甲基腺苷(m6A)是真核海洋海洋生物mRNA中最大要的转录后掩盖,在真核海洋海洋生物的的疾病和顺利的时候中起着至关根本的影响。血糖高社会认知障碍物一种不可逆转的神经末梢末梢神经末梢平台退行性的疾病,当下发展趋势实际上切共识机制无法是完全阐发,和不足可以有效的预防措施和诊疗方法。

2024年2月6日,北京大学医学部联合首都医科大学附属北京朝阳医院在International Journal of Molecular Sciences上发表题为“Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice”的研究文章。研究人员探讨了高脂肪饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化的相关机制。该成果中拜谱海洋生物为其提供m6A甲基化概述技巧工作,为糖尿病小鼠高脂肪饮食诱导的认知功能障碍机制提供了新的线索。

经典文章品牌:Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice(Int J Mol Sci.,IF=6.2,2024.2)

朋友机构:北京大学医学部、首都医科大学附属北京朝阳医院

探索村料:小鼠脑组织

拜谱可以提供技术应用:m6A甲基化(MeRIP-seq)

引言图:

图1| 论文摘要图(图源:Zhaoming Cao, et al., Int J Mol Sci., 2024)

探析结论

1.DCI小鼠海马中m6A基因遗传表达的变换

论述相关员第一组建了高脂起居和社会认知障碍物(DCI)的小鼠建模。为很差表组(n = 3)和DCI组(n = 3)当中的m6A什么是人类基因组体现,论述相关员利用MeRIP-seq开始了转录组范围图内的m6A-seq进行分析。在DCI组的10664个项目编码什么是人类基因组转录物(mRNAs)中共中央发现差表组的23719个不叠加的m6A峰。差距之上,DCI组体现出23,759个非叠加m6A峰。表中,9347个甲基化什么是人类基因组在差表组和DCI组当中叠加(图2)。

图2| 相较比较组和DCl组m6a绘制基因遗传的维恩图

共判定出1274个差距甲基化的m6A位点(DMMSs),另外60.88%(778/1278)和39.12%(500/1278)的甲基化能力各用有效不低于比对组。钻研分析其地理占比点条件出现m6A峰地理占比点在全RNA中(图3A),并表明其地理占比点的转录城市性涵盖以内五组:5'UTR、3'UTR、转录初始位点城市性场面、撤销密匙锁子场面、初始密匙锁子场面和识别码编码序列(CDS)。m6A峰的在3'UTR、CDS和撤销密匙锁子附近商场有效丰度(图3B)。要鉴定这种dna上m6A掩盖的城市性,钻研工作员淘汰了有峰引用的城市性,并测定方法了这种dna上reads的所使用率。在DCI组中,m6A掩盖区偏重于3'UTR区(图3C)。几乎所有mRNA内的DMMS都被手机定位到固色体不上鉴定其地理占比点概述。不相同小鼠固色体的m6A掩盖谱不相同。

图3| 小鼠海马中m6A甲基化图谱的发生变化

方便检测m6A修饰语在DCI小鼠中的生物学体学功能表,学习职工从两对下选择内含DMMS的蛋清质简码人类dna组开始GO和KEGG深入进行进行定量定性分析(图4A)。在GO深入进行进行定量定性分析中,高甲基化人类dna组在受损组织上皮细胞膜进程、生物学体进程调节管控、促使活力和杂环无机有机氧化物联系中有关系数聚集。KEGG径路深入进行进行定量定性分析表明,高甲基化人类dna组与T受损组织上皮细胞膜蛋白激酶警报径路、小受损组织上皮细胞膜1.肺癌和RIG-I样蛋白激酶警报径路有关(图4B)。相对 低甲基化人类dna组,GO深入进行进行定量定性分析表明在受损组织上皮细胞膜进程、分解代谢进程和联系进程中有关系数聚集充分环无机有机氧化物、联系杂环无机有机氧化物和促使活力(图4C)。KEGG径路深入进行进行定量定性分析探求了低甲基化人类dna组与肥厚性心肌病和Hippo警报径路的有关(图4D)。

图4| 差别的甲基化m6A位点的信号通路含有

2.m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq大数据的联办剖析

随即研究方案工人将m6A MeRIP-Seq的数据资料信息和事先RNA-Seq的数据资料信息实现携手定量分析,发展163个mRNA,m6A峰和mRNA横向显著性改进。41种mRNA的m6A和mRNA横向调涨,14种mRNA横向降低。不仅如此,30个遗传遗传基因组mRNA传达调涨,m6A横向降低,7九个遗传遗传基因组mRNA传达降低,m6A横向调涨(图5A)。结果,搭建一个PPI无线网络来表示163个遗传遗传基因组数字的蛋白酶中的接(图5B)。

右图6提示,GO和KEGG介绍分为四组:(1) m6A上浮,mRNA上涨;(2) m6A上浮,mRNA上浮;(3) m6A上涨,mRNA上涨;(4) 人类人类什么是人类什么是人类基因组m6A上涨和mRNA上浮。在GO介绍中,m6A上浮和mRNA上涨的人类人类什么是人类什么是人类基因组在受损周围神经元消化吸收率进程、芬芳族类化合物菌物自动合成进程和RNA消化吸收率进程的宏观调空中明显聚集。KEGG介绍展现,这么多人类人类什么是人类什么是人类基因组在碳水化合物周围神经元酸消化吸收率、小受损周围神经元肝癌、丙酸消化吸收率和异丙醇酸消化吸收率中聚集。来说m6A上浮和mRNA上浮的人类人类什么是人类什么是人类基因组,GO介绍展现在亚铁综合、亚胺丙氨酸脱羧酶可溶性、天冬氨酸1-脱羧酶可溶性和受损周围神经元接触装设负宏观调空中聚集;KEGG介绍展现在2型心脏病、碳水化合物周围神经元受损周围神经元细胞要素数字预警径路和胰岛素数字预警径路中聚集。在GO介绍中,m6A上涨和mRNA上涨的人类人类什么是人类什么是人类基因组在寡肽综合、谷胱甘肽综合和二硫钝化物钝化恢复酶可溶性中聚集,而在KEGG介绍中,植物的根在柚子酸反复(TCA反复)、丙酸消化吸收率和多外来物种凋亡中聚集。在GO介绍中,m6A上涨和mRNA上浮的人类人类什么是人类什么是人类基因组在胚胎骨膝盖形态特征发现、蛋白质激酶可溶性刺激和NADP消化吸收率进程中聚集,在KEGG介绍中,m6A上涨和mRNA上浮人类人类什么是人类什么是人类基因组在新霉素、卡那霉素和周围神经健康细胞要素数字预警径路中聚集。

图5| m6A甲基化与mRNA表述的联动分析一下

图6| 163个DEGs和DMMS的GO和KEGG数据分析

拜谱怪物总结

本研究表明高脂饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化。这些改变导致与神经退行性疾病相关的基因甲基化模式的改变,特别是在小鼠的海马区。这些发现为高脂肪饮食诱导糖尿病小鼠认知功能障碍的机制提供了新的见解,可能为糖尿病诱导的海马病变提供新的治疗策略。这一过程中拜谱怪物提供了m6A甲基化系统保障,拜谱生物学可提供完善成熟的蛋白质组学、产生组学、转录组学以其两组学联手企业产品高技术开发保障,欢迎致电咨询!

关联性文章:Cao Z, An Y, Lu Y. Altered N6-Methyladenosine Modification Patterns and Transcript Profiles Contributes to Cognitive Dysfunction in High-Fat Induced Diabetic Mice. Int J Mol Sci. 2024. doi: 10.3390/ijms25041990.

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