在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

科研的结果

1、从光敏提升生殖细胞中导入DNA化学交联血清质

是为了隔离光热塑脂肪酸质-DNA复合材料物使用在LC-MS介绍，笔者开发管理新一种男变女纯化方案设计，可从DNA中去就算热塑脂肪酸质，仅在直射时凭借简单遗传基因组碰触丰度DNA热塑脂肪酸质。用TRIZOL消除染色剂质并消除执行死刑获的非热塑脂肪酸，之后将其再次容解以对其进行RNase肠蠕动吸收。凭借超声检查、剪切所得的脂肪酸质热塑DNA的消除物，在硫氰酸胍中蒸煮男变女，并在二阳极氧化硅离心力柱上晕厥洗涤剂以去就算热塑脂肪酸质直到来完成。凭借核酸酶正确处理从DNA中挥发释放光热塑脂肪酸，并对其进行胰脂肪酸酶肠蠕动吸收使用在LC-MS介绍。该方式重命名为脂肪酸质热塑DNA消除或XDNAX。

图1.血清质热塑DNA拆分或XDNAX流程步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可会直接触碰DNA的蛋白质含量质图谱

将光热塑方法步骤利用于MCF7細胞膜，看到了1,805种侯选人球核苷酸，里面1,191种普遍存在于3个或更好次抄袭中。60%的DNA相护能力组帶有核酸依照的GO注解，在由于缺乏核酸依照注解的球核苷酸质中，明显的功绩源于核纤层球核苷酸，此外是组建固色质组建和細胞膜分裂主义的球核苷酸质（图2）。

图2 . 可真接接触性 DNA 的淀粉酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇总了了DNA间接使用组所潜在的核核苷酸-DNA软件界面十分包涵的核苷酸交连肽。这收录随着（1）球状DNA搭配框架域、（2）DNA 搭配无序性区（IDR）和（3）随着与其它的核核苷酸（列举组核核球血清质搭配核核球血清质）、RNA（列举剪接因素）或相分离出来区室（列举核仁核核球血清质）间接使用而以至于的环境近乎。

图3 . 可同时玩 DNA的构成域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析体细胞扰动其间与DNA配合的转录细胞

雌荷尔蒙蛋清酶激酶α（ESR1）驻落在胞质溶胶中，终究会出现其配体，引起易位到癌受损细胞核，在东京它与基因组组中的单一区域内融合以激活开通单一的转录小程序。将血清饥饿的MCF7癌受损细胞核曝露于高服用量雌荷尔蒙（10 nM 17β-雌二醇）44分钟左右，与虚拟外理的比效癌受损细胞核比效二者的DNA能够 的效应组（图4A）。但其中，雌荷尔蒙刺激到后DNA能够 的效应组中的ESR1加强了30倍（图4B）。总之一，在1,814个化学发光法的蛋清酶质-DNA能够 的效应中，约有9%表明出低于2倍的差异性变迁，并观察分析到与ESR1还具有能够 的效应的蛋清酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌肾上腺素外理乳腺炎恶性肿瘤系 DNA 相护用处组的酶联免疫法相当（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

的探讨分析进到固色体组的脂肪酸质以了解到它是是怎样的被读入并付诸实操的，老是是科学人工一款 持久的追求幸福。固色体组可及性主耍以DNA为心中的的视角完成的探讨分析，殊不知，到现在结束，固色质凝胶的用处中的些什么脂肪酸质与DNA 發生物理化学相护用处尚不很清楚。实用零路程光热塑，可察觉到DNA相护用处组中的往往是数脂肪酸质，XDNAX方法将对于脂肪酸质-DNA相护用处的探讨分析的巨大机器。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋清质组学、遮盖组学、新陈代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

考虑文章：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.